Uygulamanda version diye bir değişken tanımlarsın int version = 1 dersin. Kontrol için internet üzerinden siten varsa ya da buluta xml,json gibi bir formatta veri atayıp bunu uygulama içinde parse etmen lazım. Kendi siten üzerinden örneğini veriyim. site.com/program-version-kontrol.xml gibi bir sayfa oluşturursun sayfada program adi , güncel version, download link olur. Bunu c# ile okursun webclient xml araştırırsın . if ile program adi uyuyor mu uyuyorsa, guncel version büyük ise program içi versiondan download linki ile indirme yaptırırsın.